Fue formada en Santiago el 26 de julio de 1965 por Julio Carrasco y Julio Numhauser, quienes invitaron en un primer momento al hermano del primero, Eduardo Carrasco, quien se suponía sería solo un intérprete temporal. Tanto Julio Numhauser como Eduardo Carrasco eran voluntarios de la «Bomba Israel», 5.ª Compañía del Cuerpo de Bomberos de Ñuñoa. Así el trío inicial decide llamarse «Quilapayún», que en mapudungun significa «Tres barbas». Comienzan a realizar esporádicas presentaciones en peñas universitarias, y posteriormente deciden integrar a Patricio Castillo (su presencia intermitente duraría hasta 1970) y más tarde, en forma definitiva, a Carlos Quezada, Willy Oddó, Hernán Gómez y Rodolfo Parada.

Luego de trabajar un breve lapso con Ángel Parra y de tener sus primeras actuaciones en peñas de Valparaíso y Santiago, Quilapayún integra como director artístico a Víctor Jara, con quien adoptarán el modo interpretativo y escénico que los volvería célebres junto a sus barbas y ponchos negros.

Después de dos discos en los que esbozaron su línea temática y musical, graban en 1968 el LP X Vietnam en el que adoptan el estilo que los volverá un paradigma de la canción popular revolucionaria. En 1970 graban la Cantata de Santa María de Iquique, de Luis Advis, que se vuelve una obra esencial de la música chilena y modelo para trabajos del mismo tipo que se realizaron en Hispanoamérica.

Durante el gobierno de Salvador Allende son nombrados embajadores culturales, realizando giras por Europa y obteniendo un gran éxito en Argentina y Uruguay. En esa época alternan canciones y obras de apoyo decidido a la causa de la Unidad Popular y de ataque a los sectores conservadores con trabajos como «Quilapayún 5», donde esbozan nuevos caminos creativos, marcados por el ingreso de su director, Eduardo Carrasco, al conservatorio.

Su apoyo al gobierno de Allende tiene su punto máximo en la presentación en el Festival de Viña del Mar en febrero de 1973, en donde se genera un escándalo de tales proporciones entre sus adherentes y detractores que provocaron la suspensión de la primera etapa del certamen. Eduardo Carrasco, integrante de Quilapayún, señaló que antes de la presentación de la banda los opositores al gobierno de Allende “repartieron panfletos… que llamaban a cortarnos la cabeza” con lo cual ayudaron a fomentar un clima de agresividad. La presentación de Quilapayún en la Quinta Vergara no fue transmitida por Televisión Nacional por orden directa de Gonzalo Bertrán, Director de la transmisión televisiva, pero el país pudo escucharlo por las ondas de Radio Minería. Según Eduardo Ravani, Director escénico del festival, “Gonzalo (Bertrán) da la instrucción de que hay que borrar la cinta que ya había empezado (a grabar y) que llevaba dos canciones”. Por esta razón, Televisión Nacional de Chile dejó de grabar y transmitir el resto de la presentación de Quilapayún.

Álbumes en estudio
1967 – Quilapayún
1967 – Canciones folclóricas de América (con Víctor Jara)
1968 – X Vietnam
1969 – Quilapayún 3
1969 – Basta
1970 – Quilapayún 4
1970 – Cantata Santa María de Iquique
1971 – Vivir como él
1972 – Quilapayún 5
1973 – La fragua
1975 – El pueblo unido jamás será vencido
1975 – Adelante
1976 – Patria
1978 – Cantata Santa María de Iquique
1979 – Umbral
1980 – Alentours
1980 – Darle al otoño un golpe de ventana para que el verano llegue hasta diciembre
1982 – La revolución y las estrellas
1984 – Tralalí tralalá
1987 – Survarío
1988 – Los tres tiempos de América (con Paloma San Basilio)
1992 – Latitudes
1999 – Al horizonte
2007 – Siempre
2009 – Solistas
2012 – Absolutamente Quilapayún (facción francesa)
2013 – Encuentros
2018 – Quilapayún Sinfónico
Álbumes en directo
1974 – Yhtenäistä kansaa ei voi koskaan voittaa
1977 – Enregistrement Public
1983 – Quilapayún en Argentina
1985 – Quilapayún en Argentina vol. 2
1989 – Quilapayún ¡en Chile!
2003 – A Palau (CD y DVD)
2004 – El reencuentro (CD y DVD)
2012 – Homenaje a Víctor Jara (CD y DVD)
2015 – 50 años
Álbumes recopilatorios
1977 – La marche et le drapeau
1983 – Chante Neruda
1998 – Antología 1968-1992
2005 – La vida contra la muerte
2006 – La fuerza de la historia