En 1971 recibe clases de bombardino. En 1975 hace sus estudios musicales en el Colchester College. Tras graduarse, vive algún tiempo en Londres (donde alquila durante una breve temporada una casa junto a los artistas Mark Wallinger y Andy Dog) como músico ambulante. Más tarde vuelve a Colchester para impartir un curso de terapia musical en un psiquiátrico de la localidad.

Su primera grabación fue el disco Apollo (1983), grabado junto a su hermano Brian Eno y Daniel Lanois en los estudios de este último, Grant Avenue Studios, en Canadá. Poco después apareció su primer disco en solitario, Voices (1985).

Aunque se le considera sobre todo pianista, en realidad es un multiinstrumentista y cantante hábil, como ha demostrado en sus colaboraciones y discos posteriores en solitario. Ha trabajado con varios artistas de primera fila además de su hermano, como Bill Nelson, No-Man, Lol Hammond, Mads Arp, Peter Hammill, Tim Bowness y Michael Brook. Su colaboración más exitosa es, probablemente, el álbum The Familiar, escrito en colaboración con Kate St John. Su disco más valorado en Amazon es Voices.

Roger Eno da conciertos ocasionalmente y sigue componiendo bandas sonoras. Su música ha aparecido en varias películas, entre ellas Nueve semanas y media, Lluvia cálida de verano y The Jacket. Algunos de sus temas se han utilizado también para anuncios de Nissan, Japan Railways y otras marcas.

En los últimos años, Eno ha grabado varios discos en solitario y ha abierto una tienda en Internet, el sello británico Burning Shed. En 2007, contribuyó al disco Mid/Air de Dive Index, un proyecto musical del compositor y productor Will Thomas.

Discografía
Apollo (con Brian Eno & Daniel Lanois) (Virgin) – (1983)
Voices (EG Records, Virgin) – (1985)
Between Tides (All Saints Records) – (1988)
Music for Films III (Opal Records) – (1988)
Islands (with Laraaji) (Voiceprint Records, La Cooka Ratcha) – (1989)
In a Room (with Harmonia Ensemble) – (1993)
The Familiar (con Kate St John) (All Saints Records) – (1993)
Automatic (como componente de Channel Light Vessel) (All Saints Records) – (1994)
Lost In Translation (All Saints Records) – (1995)
The Night Garden (Voiceprint Records, La Cooka Ratcha) – (1995)
Swimming (All Saints Records) – (1996)
Excellent Spirits (como componente de Channel Light Vessel) (All Saints Records) – (1996)
The Music of Neglected English Composers (Voiceprint Records, Resurgence) – (1997)
The Flatlands (All Saints Records) – (1998)
Damage (with Lol Hammond) (All Saints Records) – (1999)
Classical Music for Those with No Memory (with Garosi, Puliti, Odori) – (2000)
The Long Walk (Voiceprint Records, La Cooka Ratcha) – (2000)
Getting Warmer (Burning Shed Records) – (2002)
The Appointed Hour (with Peter Hammill) (FIE! Records) – (2003)
Fragile (Music) (Burning Shed Records) – (2005)
At Lincoln Cathedral: Roger Eno (Live) – (2005)
Transparencies (with Plumbline) – (2006)
Anatomy (Burning Shed Records) – (2008)
Flood (Burning Shed Records) – (2008)