Educado en el Dulwich College, comenzó su carrera musical dentro del rock and roll, al que luego incorporó sus raíces latinas en su interpretación de la guitarra. Formó la banda 801, la cual incluía en su repertorio algunos clásicos de Roxy Music y Brian Eno.

Manzanera apareció brevemente tocando un solo de guitarra en el sexto episodio, titulado Psirens, de la serie Red Dwarf. En el mismo aparecieron sólo sus manos tocando la guitarra. El sitio Internet Movie Database acredita su rol como «Hands of Psiren Lister». En pantalla apareció en los títulos de crédito como «las manos de Phil Manzanera».

La primera vez que ejerció como productor para una banda hispana fue en 1990 para el grupo malagueño Los Mosquitos, y a continuación, en el mismo año, produjo el disco Senderos de traición de la banda española Héroes del Silencio, que a la postre fue el que le dio renombre dentro de la industria española y latina, produciendo también para ese mismo grupo El espíritu del vino en 1993, disco en el que además colaboró tocando la guitarra rítmica.

Phil Manzanera coprodujo el álbum de David Gilmour On an island. Dentro del círculo de fanes de Gilmour, Manzanera se ha ganado el apodo de «El Magnífico». Volvió a participar en la producción de The Endless River, último álbum de Pink Floyd, y Rattle That Lock, reciente disco solista de David Gilmour.

Discografía
1974: Taking Tiger Mountain (By Strategy) con Brian Eno
1975: Diamond Head.
1975: Mainstream, con la banda Quiet Sun.
1976: 801 Live.
1977: Listen Now.
1978: K-Scope.
1982: Primitive Guitars.
1987: Wetton/Manzanera.
1987: Guitarrissimo.
1988: Nowomowa: The Wasted Lands.
1988: Crack The Whip.
1989: Up In Smoke.
1990: Mato Grosso (with Sérgio Dias).
1990: Southern Cross.
1993: Live at the Karl Marx.
1997: One wWrld.
1997: Mainstream.
1997: A Million Reasons Why.
1997: Manzanera & MacKay.
1998: Live at Manchester University.
2001: Vozero.
2001: Manzanera Archives: 801 Live @ Hull.
2001: Manzanera Archives: Rare one.
2002: 801 Latino (en vivo).
2004: 6 pm.
2005: 50 Minutes Later.
2016: Live at the Curious Arts Festival