Luis Eduardo Aute nació en Manila, la capital de Filipinas, el 13 de septiembre de 1943. Su padre, Gumersindo Aute Junquera, había nacido en Barcelona, hijo de andaluces, y a los 18 años se fue a trabajar a Manila, a la compañía Tabacos de Filipinas y allí conoció a su mujer, Amparo Gutiérrez-Répide Carpi, una española hija de valenciana y santanderino. En su niñez, Luis Eduardo estudió en el colegio de La Salle, donde aprendió inglés, ya que toda la enseñanza se impartía en ese idioma; además hablaba tagalo,5? que aprendió en el día a día, español y catalán, que utilizó con su familia. Desde niño mostró gran habilidad como dibujante y pintor. Otra pasión temprana fue el cine, especialmente desde que sus padres le regalaron una cámara de ocho milímetros con la que realizó diversas películas con sus amigos.

A los ocho años viajó por primera vez a España. En Madrid, acompañando a la orquesta del Hotel Avenida, cantó por primera vez en público interpretando la canción Las hojas muertas. A los nueve años vio por primera vez On the Waterfront, película que lo marcó notablemente y lo llevó a escribir en inglés sus primeros poemas. Otra película que le influyó en esa época es Niágara, donde descubrió la sensualidad y el erotismo de Marilyn Monroe.

En 1954 la familia, previa estancia en Barcelona, se estableció definitivamente en Madrid, donde Luis Eduardo estudió en el colegio Nuestra Señora de las Maravillas. Tres años más tarde, al cumplir los quince, y tras regalarle su padre una guitarra, actuó en la fiesta de fin de curso del colegio formando un trío con otros dos amigos. En esos mismos años, muy influido por el expresionismo alemán, comenzó a pintar sin descanso, obteniendo una medalla de plata en el II Certamen Juvenil de Arte.

En 1960 tuvo lugar su primera exposición individual de pintura en la Galería Alcón de Madrid, con bastante éxito. Ese mismo año nació su hermano José Ramón. En el curso preuniversitario formó parte de varios grupos, como Los Sonor, del que surgirían Los Bravos y en el que tocaba la guitarra acústica; Los Tigres, en el que cantaba en inglés canciones de Elvis Presley, y, de acuerdo con José Ramón Pardo, Los Pekenikes. Sin embargo, el cine y la pintura, al igual que la escritura, siguieron siendo sus grandes pasiones. Con Los Sonor llegaría a interpretar dos canciones en el programa de televisión Salto a la fama, aunque Aute abandonó el grupo para centrarse en sus estudios.

En 1961 escribió su primer guion de cine y presentó un cortometraje de veinte minutos al concurso de la revista Primer Plano. También escribió Los últimos estertores, una especie de libro con textos, poemas y guiones que mandó encuadernar. Sus padres se separaron. Realizó otro cortometraje, Senses, que fue rechazado por inmoral. En 1962 realizó su segunda exposición individual de pintura, en la galería Quixote, y conoció a Marichu Rosado con quien se casó en 1968.

En 1963 comenzó a estudiar arquitectura técnica en la Escuela de Aparejadores, aunque solo dos semanas después abandonaría la universidad y se trasladó a París, donde vivió toda la efervescencia cultural de la época, descubrió la música de Jacques Brel y Georges Brassens, leyó a Paul Éluard y a Nietzsche (Más allá del bien y del mal) y vio películas prohibidas en España, como Lolita de Stanley Kubrick. Durante los siguientes años regresó varias veces a la capital francesa y comenzó a vivir de sus cuadros, realizando algunas exposiciones fuera de España. El marchante estadounidense Gregg Juárez vendía sus cuadros en Estados Unidos. También consiguió empezar a trabajar en el mundo del cine, destacando su participación en la película Cleopatra, de Joseph L. Mankiewicz, como intérprete de inglés, francés y español y segundo ayudante de dirección de la segunda unidad, que se encargaba de filmar las secuencias rodadas en España. En Madrid trabajó como meritorio de dirección en La vida es magnífica, una película de Maurice Ronet, y en Chaud, chaud, les visons, de Marcel Ophüls.

Discografía
Sencillos de la primera época
Don Ramón / Made in Spain (RCA-Victor, 1967)
Aleluya #1 / Rojo sobre negro (RCA-Victor, 1967)
Al-leluia #1 / Roig damunt el negre (RCA-Victor, 1967)
Mi tierra, mi gente / Los ojos (RCA-Victor, 1968)
Los burgueses / Me miraré en tu cuerpo (RCA-Victor, 1968)
Clamo al firmamento (Aleluya #2) / Ausencia / Labrador (RCA-Victor, 1968)
Yo pertenezco / Dónde estará la verdad (RCA-Victor, 1968)
Tiempo de amores / Sí, sí, señor (RCA-Victor, 1968)
Discos de larga duración
Estudio
Diálogos de Rodrigo y Gimena (RCA-Victor, 1968)
24 canciones breves (1967-68) (RCA-Victor, 1968)
Rito (Ariola, 1973)
Espuma (Ariola, 1974)
Babel (Ariola, 1975)
Sarcófago (Ariola, 1976)
Forgesound, con Jesús Munárriz (Ariola, 1977)
Albanta (Ariola, 1978)
De par en par (Ariola, 1979)
Alma (Movieplay, 1980)
Fuga (Movieplay, 1981)
Cuerpo a cuerpo (Ariola, 1984)
Nudo (Ariola, 1985)
Templo (Ariola, 1987)
Segundos fuera (Ariola, 1989)
Ufff! (Ariola, 1991)
Slowly (Ariola, 1992)
Animal uno (Libro-disco 1994)
Alevosía (Virgin, 1995)
Aire/Invisible (Virgin, 1998)
Alas y balas (Virgin, 2003)
El desenterrador de vivos (Libro-disco , 2007 con Fernando Polavieja)
A día de hoy (BMG Ariola, 2007)
Intemperie (Sony Music, 2010)
El niño que miraba el mar (Sony Music, 2012)
Aute canta a Oroza (Libro-disco,2018)
En directo
Entre amigos (Movieplay, 1983)
Mano a mano, con Silvio Rodríguez (Ariola, 1993)
Humo y azar (BMG Ariola, 2007)
De la luz y la sombra (Sony Music, 2018)
Recopilatorios
Álbum 1966-67 (RCA, 1972)
20 canciones de amor y un poema desesperado (Ariola, 1986)
Paseo por el amor y el deseo (Ariola, 1996)
Querencias (Virgin, 2001)
Auterretratos, vol. 1 (BMG Ariola, 2003)
Auterretratos, vol. 2 (BMG Ariola, 2005)
Memorable cuerpo (Sony BMG, 2008)
Auterretratos, vol. 3 (BMG Ariola, 2009)
Auteclàssic, con Joan Isaac (2009)
Colectivos
Tercer festival de la Nueva Canción Latinoamericana (Discos Pentagrama, 1984)
Todas las voces todas (1996)
Canto por el cambio (2004)
Manual para olvidados (2013)