Cretu concibió el proyecto Enigma mientras estaba trabajando en Alemania, aunque decidió emplazar los estudios de grabación A.R.T. Studios en la isla de Ibiza (España) desde principios de los años 1990 hasta mayo de 2009, donde grabó todos los álbumes de estudio de Enigma. Cretu es tanto el compositor como el productor del proyecto. Su exesposa, la cantante Sandra, había colaborado vocalmente en algunos temas de los discos de Enigma. Jens Gad participó como coarreglista y también como guitarrista en tres de los álbumes de Enigma. Peter Cornelius contribuyó también con Enigma durante los años 90.

Ocho álbumes de estudio han sido producidos bajo el nombre del proyecto.

Cretu había sido una de las primeras personas en hacerse construir un estudio de grabación digital privado en casa, e incluir samples vocales y elementos musicales no percusivos en sus grabaciones, como cantos gregorianos y la flauta shakuhachi.

Enigma llegó a vender más de 70 millones de discos a nivel mundial, por lo cual recibió más de cien certificaciones de disco de oro y platino. El proyecto musical recibió asimismo tres nominaciones a los premios Grammy y se le consideró como uno de los más exitosos proyectos musicales.

Los dos primeros álbumes de estudio de Enigma también dieron lugar a la creación y popularización de bandas y grupos musicales que siguieron estilos similares, a menudo llamado «música enigmática». El primer álbum de Enigma fue mentado como uno de los álbumes más importantes e influyentes en la corriente principal de la música new age. El álbum no solo popularizó el estilo de música «enigmática», sino que también introdujo algunos cambios técnicos en la producción musical. Con MCMXC a.D., Michael Cretu había desarrollado las características técnicas e intenciones del sampling. Aunque el sampling se encontraba en uso desde hacía mucho antes (introducido por músicos como Jean-Michel Jarre, Klaus Schulze y otros), Cretu construyó su propia música en torno a secuencias completas de piezas grabadas previamente. Su método no fue el remezclado y la remodelación, sino más bien la recontextualización —al cambiar el ambiente natural de una pieza de música—. Un nuevo método de composición y proceso de creación de un álbum que fue adoptado principalmente por los artistas del hip hop, así como los productores de música electrónica. Fue uno de los primeros álbumes que se registraron directamente en disco duro. MCMXC a.D. fue uno de los primeros pasos en una serie de desarrollos que erradicaron la división entre cultura popular y underground.